Aunque todos los primeros compañeros de Ignacio eran graduados por la Universidad de París, las instituciones educativas no entraban dentro de los propósitos originales de la Compañía de Jesús. Como se describe en la "Fórmula" presentada a Paulo III para su aprobación, la Compañía de Jesús fue fundada "para dedicarse principalmente al provecho de las almas en la vida y doctrina cristiana y para la propagación de la fe mediante lecciones públicas y el servicio de la Palabra de Dios, los Ejercicios Espirituales y obras de caridad, y concretamente por medio de la instrucción de los niños y de los ignorantes en el cristianismo, y para espiritual consolación de los fieles oyendo sus confesiones". Ignacio quería que los jesuitas se mantuvieran libres para poder desplazarse de un lugar a otro donde la necesidad fuera mayor; y estaba convencido de que las instituciones les fijarían en un lugar e impedirían su movilidad. Pero los compañeros tenía sólo un propósito: "servir y amar a su Divina Majestad en todas las cosas"; estaban dispuestos a adoptar cualquier medio que pudiera mejor ayudar a cumplir este amor y servicio de Dios, en el servicio a los demás.

Pronto aparecieron claros los resultados que podrían obtenerse de la educación de la juventud, y no pasó mucho tiempo sin que los jesuitas se dedicasen a este trabajo. Francisco Javier, escribiendo desde Goa, India, en 1542, se mostraba entusiasta de los resultados que los jesuitas que enseñaban en el Colegio de San Pablo, estaban obteniendo; Ignacio respondió animándoles en su labor. Un colegio había sido fundado en Gandía, España, para la educación de los que se disponían a entrar en la Compañía de Jesús; en 1546 comenzaron a admitirse otros jóvenes de la ciudad, ante la insistente petición de sus padres.

El primer Colegio de la Compañía, en el sentido de una Institución primariamente destinada a seglares, fue fundado en Messina, Italia, solamente dos años después. Y cuando se vio claro que la educación era, no solamente un medio apto para el desarrollo humano y espiritual, sino también un instrumento eficaz para la defensa de la fe atacada por los reformadores, el número de colegios de la Compañía comenzó a crecer muy rápidamente; antes de su muerte en 1546, Ignacio había aprobado personalmente la fundación de 40 colegios. Durante siglos, las congregaciones religiosas habían contribuido al desarrollo de la educación en filosofía y teología. Para los miembros de esta nueva Orden el extender su trabajo educativo a las humanidades e incluso llevar colegios, era algo nuevo en la vida de la Iglesia, que necesitaba una aprobación formal, mediante un decreto del Papa.

Las prioridades en la formación de los jesuitas fueron también las prioridades en la educación de la Compañía; un énfasis en las humanidades que debían preceder a la filosofía y la teología, un orden de progreso cuidadosamente observado en el seguimiento de estas sucesivas ramas del saber, las repeticiones de la materia, y una participación activa de los propios estudiantes en su educación. Debía emplearse mucho tiempo en conseguir un buen estilo literario. El papel del Rector es esencial, como centro de autoridad, inspiración y unidad. No se trataba de métodos pedagógicos nuevos, Ignacio estaba familiarizado con la falta de método, con los métodos de muchos Colegios, y especialmente con la cuidada metodología de la Universidad de París. El eligió y adaptó aquéllos que le parecieron más adecuados para los fines de la educación jesuítica.

En su correspondencia, Ignacio prometió un desarrollo ulterior de la Reglas, o principios básicos, que habrían de regir en todos los Colegios. Pero insistía en que no podría elaborar estas reglas hasta que pudiera deducirlas a partir de la experiencia concreta de quienes estaban de hecho empeñados en la labor educativa. Antes de haber podido cumplir esta promesa, en la madrugada del 31 de Julio de 1556, Ignacio murió.

La "Ratio Studiorum" y la historia mas reciente
En los años siguientes a la muerte de Ignacio, no todos los jesuitas estaban de acuerdo en que el trabajo en los colegios era una actividad propia de la Compañía de Jesús; la disputa duró hasta bien entrado el siglo XVII. Sin embargo, el compromiso de los jesuitas en la enseñanza siguió creciendo a ritmo rápido. De los cuarenta colegios que Ignacio había aprobado personalmente, treinta y cinco estaban funcionando cuando él murió, aun cuando el número total de miembros de la Compañía de Jesús no había llegado todavía a los mil. En el espacio de cuarenta años, el número de Colegios alcanzó los 245. El desarrollo prometido de un documento que resumiera los principios comunes a todos los Colegios jesuíticos era ya una necesidad práctica. Los sucesivos Superiores de la Compañía promovieron un intercambio de ideas basadas en experiencias concretas, en forma tal que, sin faltar al principio de Ignacio de atender las "circunstancias de lugares y personas", se pudieran desarrollar un curriculum básico, y unos principios pedagógicos generales que provinieran de esta experiencia y fueran comunes a todos los Colegios de la Compañía. Hubo, pues, un período de intenso intercambio entre todos los Colegios.

Los primeros borradores de un documento común se basaban, como Ignacio había deseado, en las "Reglas del colegio Romano". El Prepósito General Rodolfo Aquaviva nombró una comisión internacional formada por seis jesuitas; se reunieron en Roma para adaptar y modificar estos borradores provisionales, partiendo de la experiencia de las diversas partes del mundo. En 1586 y, de nuevo en 1591, este grupo publicó borradores más completos que fueron ampliamente difundidos para su comentario y corrección. Sucesivo intercambio, reuniones de la comisión, y trabajo de redacción llevaron finalmente a la publicación de la Ratio Studiorum, el 8 de Enero de 1599.

En su redacción final la "Ratio Studiorum", o "Plan de estudios" de los Colegios jesuíticos, es un manual para ayuda de profesores y directivos en la marcha diaria del Colegio; contiene una serie de "reglas" o directrices prácticas que se refieren a materias como el gobierno general del Colegio, la formación y distribución de profesores, los programas, o los métodos de enseñanza. Como la Parte IV de las Constituciones, no es tanto un trabajo original, cuanto una buena colección de los métodos educativos más eficaces de aquel tiempo, experimentados y adaptados a los fines de los colegios de la Compañía.

Hay pocas referencias explícitas a los principios subyacentes que dimanan de la experiencia de Ignacio y sus compañeros, y que cuajaron en los Ejercicios Espirituales y en las Constituciones; tales principios habían sido expresados en las primeras versiones, pero fueron sobreentendidos en la edición final de 1599. La relación entre maestro y estudiante, por tomar un ejemplo, debía reflejar la relación entre el que da los Ejercicios y el que los recibe; puesto que los autores de la Ratio, así como la mayoría de los educadores de los colegios eran jesuitas, esto podía fácilmente presuponerse. Así y todo, aunque no se mencionase explícitamente el espíritu de la Ratio, como el que inspiró los primeros colegio jesuíticos, era expresión de la visión de Ignacio. El proceso que llevó a la redacción y publicación de la Ratio produjo un "sistema" de colegios, cuya fuerza e influencia radicaba en el espíritu común, que había desarrollado en principios pedagógicos comunes, basados en la experiencia y corregidos y adaptados por medio de un constante intercambio. Fue el primer sistema educacional de este tipo, que el mundo había conocido.

El sistema se desarrolló y enriqueció durante más de doscientos años, pero tuvo un brusco y trágico final. Cuando la compañía de Jesús fue suprimida por una Bula Pontificia en 1773, fue prácticamente destruida una red de 845 instituciones educativas extendidas por toda Europa, las Américas, Asia y Africa. Solamente unos pocos colegios de jesuitas quedaron en territorio ruso, donde la supresión nunca llegó a tener efecto.

Cuando Pío VII decidió restaurar la Compañía de Jesús en 1814, una de las razones que dio para su determinación fue que " la Iglesia Católica pueda gozar, de nuevo, del beneficio de su experiencia educativa". El trabajo educativo, de hecho, comenzó casi inmediatamente, y poco después, en 1832, se publicó una edición experimental revisada de la Ratio Studiorum. Pero nunca fue definitivamente aprobada.

El siglo XX, especialmente en los años posteriores a la segunda guerra mundial trajo un espectacular aumento en el tamaño y número de las instituciones educativas de la Compañía. Los decretos de las diversas Congregaciones Generales, particularmente las aplicaciones del Concilio Vaticano II incorporadas al decreto 28 de la Congregación General 31, esparcieron las semillas de un espíritu renovado. Hoy día, el apostolado educativo de la Compañía se extiende a más de 800 instituciones de una increíble variedad de tipos y niveles, en ellas se educan más de 1.300.000 de niños, jóvenes y adultos en más de setenta países en todo el mundo e interactúan con ellos más de 80.000 profesores, maestros y directivos laicos y jesuitas.

La educación de la Compañía hoy no constituye ni puede constituir el "sistema" unificado del siglo XVII; y, aunque no pocos principios de la Ratio original conservan actualmente su validez, el curriculum y la estructura uniformes, impuestos a todos los centros educativos del mundo, han sido sustituidos por las distintas necesidades de las diferentes culturas y confesiones religiosas y por el perfeccionamiento de los métodos pedagógicos, que varían de una cultura a otra. Esto no significa que el "sistema" educativo de la Compañía no sea ya una real posibilidad. El espíritu común y la visión de Ignacio fueron los que hicieron posible que los colegios de los jesuitas del siglo XVI desarrollan unos principios y unos métodos comunes; pero fue el espíritu común, unido a una finalidad también común, lo que creó el "sistema" escolar jesuítico del siglo XVII, tanto más que los principios y métodos más concretos recogidos en la Ratio. Este mismo espíritu común, juntamente con las finalidades básicos, los objetivos y las líneas de acción que se derivan de él, pueden ser una realidad en todas las escuelas de la Compañía hoy, en todos los países del mundo, aun cuando las aplicaciones más concretas sean muy diferentes y muchos de los detalles de la vida escolar vengan determinados por factores culturales diversos y por otras instancias exteriores.